La historia comienza en un aula de un colegio. Cuando el personaje principal, Kyu, habla con un consejero laboral acerca de lo que quiere hacer en un futuro,y le dice que quiere ser detective. Se presenta más tarde a los exámenes para la Escuela de Detectives Dan, donde gente con talento de todo el país se reúne. Consigue pasar la prueba para entrar en la "Clase-Q" (Q de qualified, cualificado), clase personalmente instruída por el fundador y director del colegio, el famoso y legendario detective Dan Morihiko. Allí conoce a Minami Megumi (Meg), una chica con memoria fotográfica, Touyama Kintarou (Kinta), el descendiente de "Kin-san" de Touyama, Narusawa Kazuma (Kazuma), un genial programador y Amakusa Ryu (Ryu), el raro estudiante de la Universidad de Tokyo (Toudai). Los cinco trabajan juntos, aunque también compitiendo entre ellos, con la graduación como objetivo.