La historia comienza tras la finalización del Torneo de fútbol Holy Road. Tenma regresa al Instituto Raimon, pero descubre que las cosas han cambiado. Los miembros del Raimon no son jugadores de fútbol. De hecho, no hay ningún club de fútbol en la escuela. Shinsuke está en un club diferente al de Tenma. ¿Es este un mundo paralelo? Tenma se pregunta. Fue entonces cuando Alfa se le aparece.
Una futura organización llamada El Dorado es una organización formada por los países del mundo futuro para hacer frente a asuntos importantes de los asuntos mundiales, y por alguna razón, se ha determinado que el fútbol debe ser destruido.