Dos años después de los acontecimientos de la Cuarta Guerra Mundial Shinobi, la luna, que Hagoromo Ōtsutsuki creó para sellar el cuerpo de Kaguya Ōtsutsuki comienza a descender hacia la Tierra, como un meteoro que destruiría todo en el impacto. La crisis es causada por Toneri Ōtsutsuki, descendiente de Hamura Ōtsutsuki a través de la rama secundaria del clan, determinado a cumplir con el legado de su antecesor, que la humanidad debe ser exterminada por usar chakra como arma por más de un milenio.