Un grupo de 15 estudiantes de élite de instituto es reunido en un muy especial instituto de clase alta. Graduarse en este instituto esencialmente quiere decir que tendrá éxito en la vida, pero la graduación es muy difícil. La escuela esta presidida por un oso llamado Monokuma, y él les explica que su graduación conlleva cometer un asesinato. El único modo de terminar la carrera es matar a uno de sus compañeros de clase y irse sin ser descubierto. Si otros compañeros de clase descubren la identidad del asesino, el asesino es el único ejecutado. Sin embargo, si ellos fallan en atrapar al asesino, sólo los asesinos se gradúan y los demás son aniquilados. ¿Cuáles de los 15 sobrevivirán a la carnicería que vendrá?