Yagi Takeru ha vivido en casa de la familia Touma desde que sus padres se fueron. Touma Rokunosuke, el cabeza de familia, fue el que lo crió. Estaba rodeado de mucha gente como Yamamoto Takeshi, su mejor amigo y rival del club de kendo, las hermanas Shiratori, Kotono y Asuka, y su amigo de la infancia Oosu Seri. Llevaba una vida feliz hasta que un día, un terremoto derribó la escuela y todo cambió. Takeru despertó para ver que la escuela había sido abandonada hacia siglos y reducida a ruinas. También se dio cuenta de que todos, profesores y estudiantes, habían desaparecido. Se encontró con Seri y Asuka que salieron de entre las ruinas, pero sólo para darse cuenta de que la ciudad donde habían vivido estaba completamente vacía. Posteriormente, las personas que habían estado ocultas en las cloacas aparecieron ante él. Le contaron que habían sido llevados a otro mundo.