Corre el año 2002, tres años después de lo acontecido en PATLABOR 1. La destrucción de una Unidad de las Naciones Unidas en el sureste asiático comienza una serie de actos terroristas que amenazan con lanzar ondas de choque a todo el ejército japonés.
Ante la evidencia de un inminente apoderamiento militar, los dispersados miembros de la original División Especial Motorizada (DEM) deben volver a reunirse para defender la ciudad del peligro. Para complicar las cosas, el cerebro de la operación no es otro que el antiguo mentor y amante de Nagumo, Tsuge. ¿Podrá Nagumo mantener el juicio para hacer prevalecer la ley y afrontar el plan de venganza de Tsuge?
La cuenta atrás para la rebelión armada y el pánico en las calles de Tokyo comienzan ahora...