En el 2312 A.D, cuatro años han pasado desde la batalla final entre el Ser Celestial y las Fuerzas UN. La humanidad, después de establecer la Earth Sphere Federation, forma una fuerza de seguridad independiente, Arrows, separada de la armada de la Federación, para promover la unificación de las naciones por el bien de la humanidad.
Pero la realidad es la opresión inhumana de las fuerzas antigubernamentales, doctrinas e ideologías en nombre de la unidad Setsuna F. Seiei, que después de sobrevivir a la batalla cuatro años atrás, decide volver a luchar con su Gundam.
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