Kaito y Aoko estan viajando en tren con el padre de Aoko, el Inspector Nakamori, intentando ayudar a detener a Kaitou Kid para evitar el robo de una gema preciosa conocida como Crystal Mother. Poco pueden hacer Aoko y el Inspector Nakamori cuando se enteran que Kaito es Kaitou Kid y él hará lo que sea para conseguir la gema. Lamentablemente para Kaito, él también es seguido por Conan y un pequeño muchacho Philip que harán algo para detenerlo.