Un templo de Tokyo. Tres hombres que guardan un secreto se reunen allí. De repente, aparece un siniestro hombre con una máscara Okina, una espada japonesa y su arco, y los asesina. Al mismo tiempo, han asesinado a otro hombre en en Osaka y en Kyoto. El departamento de policía saca la conclusión de que los cinco hombres muertos eran miembros de "Genjibotaru", un grupo de ladrones que había robado numerosos objetos y obras de arte en las ciudades de Tokyo, Kyoto y Osaka. ¿Será el asesino alguien que busca venganza? ¿O será debido a un conflicto interno de la banda? El departamento de policía se ve incapaz de obtener una pista ni conocer el móvil del crimen.
Por otro lado, Conan, que llega a Kyoto con Kogoro, Ran y Sonoko, se une a Hattori Heiji para investigar el caso. Sin embargo, los hombres con las máscaras de Okina se cruzan en su camino.
En las encrucijadas de Kyoto, Conan y sus amigos deberán enfrentarse a hombres misterios y a trampas ocultas en la oscuridad. Un caso difícil con amistades y relaciones amorosas, y la intervención de todos los personajes. Y el cuerpo de Conan al fin...