La serie nos cuenta de como la Tierra se enfrenta de nuevo a la amenaza del pueblo de la Atlántida, que regresa a nuestro planeta después de un exilio de 30.000 años en el espacio. El pueblo de la Atlántida fue vencido y expulsado por Ra-mu, el sabio gobernante del reino de Mu, rival de la Atlántida desde tiempos inmemoriales.
La guerra que enfrentó a los dos reinos llevó al exterminio completo del pueblo de Mu, que sin embargo consiguió exiliar a sus enemigos de la Tierra mandando su continente completo al espacio gracias al poder del Orialcon. El pueblo de la Atlántida y su cruel soberano, Zargon, durmieron durante 30.000 años, esperando su venganza, y despertaron cuando su continente, flotando en el espacio, pasó cerca de la tierra, e iniciaron su conquista, empezando en el espacio y continuando en la Tierra, una vez el continente de la Atlántida hubo regresado a su antigua localización.
Re-mu resucita para luchar contra ellos, reencarnándose en una nave en forma de gigante ballena blanca, ayudada por su hija Madora, por el joven Myu y por cinco descendientes de sus más valientes guerreros, Ken, Jo, Shi, Marabu y Rei. Pronto comienza una sangrienta lucha en la que tendrán que realizar enormes sacrificios para conseguir la ansiada victoria.