Seis niños están jugando en sus casas a un Videojuego-RPG de futbol. Uno de ellos es el delantero, otro el portero y los otros forman dos grupos que van rotando en sus respectivas puestos. De repente, al derrotar a un jefe final, ocurre algo extraño y son abducidos al interior del juego. Tomoru, Mio y Dai acaban frente al profesor Galiléo, les cuenta que él creó el juego, llamado Eureka, pero también fue subcionado dentro. Para volver todos a su mundo necesitan realizar ciertas misiones en diversas areas de ese mundo. Al aparecer una nueva misión, Tomoru y su equipo se ponen en marcha.
Cuando llegan al area C-1, encuentran que no solo tienen que realizar una misión, también tienen un grupo rival. El rival del profesor ha traido a su propio equipo de futbol, Yukio, Suzuka y Kouta. Su misión por supuesto es solamente científica. Primero la máquina explica como formar un rayo, y luego ellos tienen que encontrar la manera de pararlo para conseguir superar la misión. Tomoru y compañía lo consiguen, y toman la Piedra Eureka, necesaria para volver a su mundo. Lo que ocurre es... que la puerta de regreso necesita 10 piedras Eureka para abrirse.