"Construiré un lugar donde la gente joven pueda retarse a sí misma para alcanzar sus sueños" — Ryuugajou Nanana
Los siete estudiantes genio, conocidos como "Los 7 grandes", comienzan un gran proyecto para construir la idla Nanae para cumplir con la visión de su líder: Ryuugajou Nanana.
Doce años después, con una población de 100,000 habitantes, de los cuales el 80% son estudiantes, la isla Nanae prospera como una zona especial para los estudiantes. Uno de los últimos residentes de la isla, Yama Juugo, es un estudiante que llegó a esa isla gracias a que se emancipó de su padre. Cuando Juugo encuentra el apartamento que será su hogar a partir de ahora, descubre que es habitado por el inquieto espíritu de Ryuugajou Nanana, quien fue asesinada hace ya diez años. Juugo planeaba vivir solo, pero ahora tiene a una compañera más que extraña...
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Precuela: Ryuugajou Nanana no Maizoukin