Rodeado por colinas por todos lados, el Instituto St. Luminous es un instituto femenino caracterizado por tener un espíritu liberal. Un día, dos estudiantes masculinos aparecen en el instituto. Son Kaihei Kijima, que acude a St. Luminous por voluntad de su abuelo, y su amigo Ryuzo Tanami.
Sin ser muy optimista por naturaleza, Kaihei acaba por convertirse en el Director del instituto por voluntad de su abuelo. Su primer trabajo consistirá en buscar a una estudiante desaparecida pocos días antes. Pero se sorprende al ver la foto de la chica, que le fue entregada por la Hermana Akane. Acababa de ver a esa misma chica, Merina Scaphisi, sólo unas pocas horas antes en el bosque de camino a St. Luminous...