La historia de Heaven Wars Shurato está basada en la mitología Hindú y Budista. El protagonista es un chico de 16 años llamado Hidaka Shurato, que es transportado a Tenkuukai, el mundo de los dioses, por la Diosa de la Armonía Vishnu. él y su amigo de la infancia, Kuroki Gai, son reencarnaciones de los dioses Deva.
Indrah, el general de los dioses Deva, convierte en piedra a Vishnu y echa la culpa a Shurato y sus amigos, volviendo contra ellos al resto de los dioses Deva, incluido Gai. La serie detalla su viaje para intentar revivir a Vishnu y salvar la Tierra de los dioses invasores Asura, a la vez que limpian su honor. Por el camino se verán obligados a luchar a sus antiguos compañeros, y Shulato es obligado a luchar con Gai.