En el año 2009, el hombre se enfrenta a la mayor crisis que jamás haya experimentado. La Era de Enfrentamientos que dura desde los orígenes de la humanidad ha llegado finalmente a su fin y se forma el primer Gobierno Unido para todos los seres humanos. Pero entonces unos extraterrestres se acercan a la Tierra. Las fuerzas de los Zentraedi comienzan a atacar con un poder aterrador. La invencible nave espacial de combate, Macross, lanzada ese mismo día, se ve obligada a participar en la batalla. Sin embargo, como Macross está aún en periodo de prueba, es derrotada por un fallo en la transferencia instantánea. Con más de 56.000 ciudadanos a bordo, Macross comienza a vagar por el Sistema Solar estableciendo una órbita. Los Zentraedi van en busca de Macross con sus formidables naves. Sin saber el destino de la Tierra, Macros emprende su largo viaje de vuelta a la Tierra plagado de peligros.