La historia gira alrededor de Allen Walker, un exorcista, al final del siglo XIX en Europa. Allen es un miembro de la orden negra, formado por exorcistas, conectados con el Vaticano. La misión de la orden negra es detener al Conde del Milenio, espíritu necrófago maligno que se propone limpiar el mundo destruyendo a todos los seres humanos con sus armas llamadas "Akuma".
Los exorcistas son personas especialmente dotadas con la capacidad de controlar y de utilizar la "Inocencia", una sustancia divina creada tiempos atrás. Se dice que hay exactamente 109 unidades de Inocencia dispersadas alrededor del mundo. Una vez que una Inocencia encuentre a su persona compatible, se desarrollará para convertirse en una arma para luchar contra los Akumas.