La historia toma lugar en la escuela secundaria Butei de Tokyo, una escuela especial en donde detectives armados, también conocidos como "Butei", son entrenados para usar armas. Kinji Tooyama es un estudiante de segundo año quien tiene una habilidad especial, pero la mantiene en secreto para conservar una vida pacifica y ordinaria. Sin embargo, un día que iba de camino a la escuela, se ve atrapado en un bombardeo y es allí en donde se encuentra con H. Aria Kanzaki, la estudiante más poderosa en estudios de asalto de toda la escuela.
Secuela: Hidan no Aria AA