Es el año 21XX. Los reploids son algo común tras el descubrimiento del laboratorio del Dr. Light por el Dr. Cain, basados en el original del Dr. Light: "Megaman X". Mientras tanto, X se ha unido a los Maverick Hunters y trabaja con el líder de la unidad, Zero, bajo las órdenes del Comandante Sigma. Su trabajo es acabar con los reploids rebeldes que se han vuelto violentos.