Kogoro y Conan vuelven a Yokohama a petición de un misterioso hombre, aunque desconocen que tras la solicitud se esconden oscuras intenciones. ientras, Ran y los Jóvenes Detectives son capturados como rehenes; sólo disponen de 12 horas para atender las demandas del extraño personajes. Además, esta persona conoce la verdadera identidad de Conan, Kudo Shin'ichi.
¿Conseguirán finalmente resolver la situación límite a la que han sido sometidos? ¿Descubrirán la secreta identidad de su cliente? También Hattori Heiji, del Instituto de Detectives del Oeste, y Kaitou Kid prestarán sus servicios en una nueva aventura del famoso detective juvenil Conan.