Noir es una historia que ocurre en un futuro cercano. Mireille es una muchacha joven, un tipo de lobo solitario que se convierte en una de las asesinas com más talento del mundo. Un día, recibe un e-mail con el nombre de su blanco siguiente: Kirika Yumura. El e-mail tiene una frase adjunta, "únete a mí en un peregrinaje al pasado" y una melodía que sonaba en la caja de música cuando mataron a los padres de Mireille. Mireille, cuyos padres fueron asesinados por un asesino misterioso y Kirika, una muchacha que no se acuerda de su pasado, se convierten en un eventual equipo para trabajar juntos como asesinas.