40 años atrás, un Celebi estaba siendo atacado por un Cazador de Pokémon. Afortunadamente, un joven llamado Sammy salvó al Celebi. El Celebi, usando su poder para viajar en el tiempo, se transportó junto a Sammy 40 años hacia el futuro. En esa época, Ash, Misty y Brock ayudan a Sammy a llevar al Celebi al lago de curación del bosque, ya que el Celebi estaba malherido. Pero un malvado miembro del Team Rocket, Viscious "El Merodeador de la Máscara de Hierro", intenta capturar al Celebi. Ash y sus amigos intentan escapar de Viscious, pero se encuentran con Jessie, James y Meowth, que también quieren capturar al Celebi.
Así que todo se convierte en una carrera por conseguir cazar al Celebi mientras que Sammy intenta volver con él al bosque y evitar que el Team Rocket consiga su propósito.