Estamos a final del siglo 21. Un gran terremoto que redujo medio Tokyo a un páramo desierto de amasijos de hierro y piedra es sólo el primer símbolo del inminente apocalipsis.
Isato Kaiza, un popular atleta, es un estudiante normal y corriente. Pero no se imaginaba que un día Kash, un compañero de clase apodado Hellstinger, le daría la Piedra Caizer. Armado con el misterioso cristal Isato posee el poder de transformarse en el héroe Cowcaizer.
Para salvar la Tierra, Cowcaizer y Hellstinger deben unir sus fuerzas contra Omni Exist, la manifestación de todos los deseos humanos negativos y la fuerza que está detrás de los desastres recientes; y deben hacerlo antes de que la entidad haga desaparecer la raza humana.