Yu-Gi-Oh es la historia de Yuugi Mutou, un estudiante que es más bajo que el resto de compañeros de clase, por lo que es objeto de burla. Su abuelo se dedica a coleccionar extraños objetos egipcios, y Yuugi se encuentra en este momento obsesionado con una caja que contiene un montón de pequeñas piezas.
El puzzle dorado le llena la cabeza, le invade la vida, y no puede hacer otra cosa más que pensar en él y en completarlo. Al terminarlo Yuugi libera una fuerza antigua que le envuelve y le llena de poder, capacitándole para convertirse en una versión más poderosa de él mismo que puede controlar los Juegos de la Oscuridad.